Der Dritte Hokage (三代目火影, Sandaime Hokage) und seine früheren Teamkamaraden, Homura Mitokado und Koharu Utatane, waren Schüler des Ersten und Zweiten Hokage. Wegen seinem Nachnamens, Sarutobi (猿飛, Sarutobi), nannten ihn der Erste und der Zweite "affig" (猿 Saru wörtlich "Affe" Tobi: Sprung). Später war er der Meister von Jiraiya, Orochimaru und Tsunade, welche zu den Drei Legendären Ninjas wurden (伝説の三忍, Densetsu no Sannin). Er ist der Vater von Asuma Sarutobi.

Der Dritte wurde wegen seines enormen Wissens über Jutsus Professor (プロフェッサー, Purofessā) genannt. Während dem einzigen Kampf, der zu sehen ist, benutzt er eine Vielzahl von Attacken, die auf Feuer und Erde basieren. Zusätzlich zu diesen Jutsus kann er eine Neutralisierungstechnik (術消, Jutsu Shō) anwenden, die ihm erlaubt, den gegnerischen Angriff zu stoppen bzw. zu verhindern, indem er gleich viel Chakra benutzt. Nachdem er ein Shuriken auf seinen Gegner geworfen hat, kann er Shuriken Kage Bunshin no Jutsu (手裏剣影分身の術, wörtlich Shiruken Schattenklon Technik) anwenden. Der Dritte kann zudem den Affenkönig, Enma beschwören, der sich in einen Stab verwandeln kann, mit dem der Dritte perfekt umgehen kann. Trotz all dieser Fähigkeiten war der Dritte ein wenig lüstern, denn er verbrachte eine Menge Zeit damit, junge Frauen zu beobachten. Als Jiraiya noch sein Schüler war, bot er ihm an, ein Jutsu zu erlernen, dass es ihm ermöglichte, unbeobachtet zu spannen. Als Orochimaru noch sein Schüler war, wollte der Dritte ihn zu seinem Nachfolger ernennen, doch mit der Zeit merkte er, dass Orochimaru nur Hokage werden wollte, um an Macht zu gelangen. So übergab der Dritte den Titel an Minato Namikaze. Nach Minatos Tod übernahm wieder der dritte die Rolle als Leiter Konohas. Er fing an, die Quelle des Verschwindens einiger Ninjas zu suchen und fand sie in Orochimaru. Er war aber nicht dazu fähig, ihn aufzuhalten und so konnte dieser fliehen. Jahre später griff Orochimaru Konoha an, um seinen ehemaligen Meister zu töten. Im Kampf beschwor Orochimaru den Ersten und Zweiten Hokage, die der Dritte mit dem Todesdämonensiegel, das dem Gegner die Seele entzieht, besiegte. Er hatte das gleiche mit Orochimaru vor, schaffte es aber wegen seiner Verletzungen nicht, konnte aber noch Orochimarus Arme untauglich machen. Nach dem Kampf starb Sarutobi.